Rozšírenie biomarkerov prediktívneho modelu využívajúceho metódy fragmentomiky

Výzva	Matching granty ku zdrojom získaným v rámci programu Horizont 2020 a Horizont Európa
Hlavný riešiteľ	Tomáš Szemes
Prijímateľ	Univerzita Komenského v Bratislave
Celkový rozpočet	199 816,45 €
Príspevok poskytovateľa	199 816,45 €
Zdroj financovania	Plán obnovy a odolnosti
Začiatok realizácie	november 2024
Koniec realizácie	jún 2026

Anotácia

Rakovina je jednou z hlavných príčin úmrtí na celom svete. Pre úspešnú liečbu a zlepšenie prognózy pacientov je kľúčová včasná diagnostika. Tekuté biopsie, ktoré využívajú voľne cirkulujúcu DNA (cfDNA), sa ukázali ako perspektívne nástroje na neinvazívnu diagnostiku rakoviny. Cieľom predkladaného projektu je identifikácia a validácia nových biomarkerov rakoviny založených na fragmentomických vlastnostiach cfDNA. Na identifikáciu špecifických vzorov fragmentácie DNA charakteristických pre rôzne typy rakoviny budú použité pokročilé techniky celogenomového sekvenovania s nízkym pokrytím. Pomocou strojového učenia budú analyzované veľké dátové súbory za účelom identifikácie a validácie nových biomarkerov. Očakávame, že identifikujeme špecifické fragmentomické vzory cfDNA, ktoré budú klinicky relevantné pre diagnostiku rôznych typov rakoviny. Validované biomarkery budú použité na vývoj nového neinvazívneho diagnostického nástroja, ktorý bude kombinovať novo identifikované fragmentomické biomarkery s biomarkermi validovanými v projekte FORGENOM II, čím sa zvýši jeho predikčnú presnosť. Táto inovácia má potenciál poskytovať presnejšie výsledky v skorých štádiách ochorenia, čím prispeje k lepšej liečbe a monitorovaniu pacientov s rakovinou, zlepší ich prognózu a zníži náklady na zdravotnú starostlivosť.